Не нужно ничего удалять , это "место" уже само по себе не опасно растению, засохло уже

В целом у Вас нормальная орхидея, не всматривайтесь в мелкие детали.
После пересадки часть корней всё таки травмируется, растение так или иначе получает стресс, могут пожелтеть несколько листьев, это есть нормально, после того как полностью засохнут , только тогда можно с растения их снять.
Растение пополняют обычно таким образом свой питательный запас, компенсируя те или иные недостатки, старые бульбы тоже могут листья терять, это тоже нормально.
Даже если потеряет 1-2 бульбы компенсируя таким образом свой жизненный баланс, панику не стоит поднимать, в Вашем случае это тоже нормально.
Если досветки для растения не будет и местоположение не юг, будьте осторожнее с поливом, на носу зима и мало светлых дней.
Растению лучше создать умеренную прохладу и очень умеренный полив, до появления нового роста, полагаю это уже только к весне будет.
Очень неудачный момент содержания когда высокая температура и мало света. Удачи!
Нижнюю часть бульбы не углубляйте при посадке, при такой посадке могут быть проблемы с новым ростом, не страшно если часть корней будет немного выступать над субстратом, чисто символически.