aloe темные пятна на листьях

бактериалка.
возможная причина - переохлаждение при поливе. обработайте фунгицидом, отрегулируйте полив в зимний холодный период.
неопасно, но сильно портит внешний вид. при изменении агротехники  новые листья растут уже без поражений.

а где у Вас стоит горшок?

по большому счету, не очень важно, отчего бактериальная инфекция поразила Ваше растение, ясно, что оно было ослаблено, нуждается в пересадке, коррекции в агротехнике и обработке фунгицидом. не зная условий содержания, весьма сложно с достаточной долей вероятности утвержать что-то, некоторые люди алое в воде укореняют, и тут я ничего уже добавить не могу - каждый развлекается как умеет.

но справедливости ради - если Вы живете в Москве или в сопоставимом по климатическим условиями населенном пункте, то, наверно, не будете отрицать, что осенью в квартирах до того, как включат центральное отопление, довольно холодно. алое поливают крайне редко в осенне-зимний период, раз в 4-6 недель, а то и реже, температура на подоконнике осенью у окна может быть в районе +10+15С, даже если вы поливаете горячей водой, она моментально остывает в таких условиях, температура влажного грунта на 2-3 радуса ниже температуры окружающей среды, а если это глина, то разница будет еще больше - результат - переохлаждение корневой системы.

вот как-то так